1896年，在marathon race（馬拉松賽跑）中，「長距離賽跑，距離26英里385碼」，這項賽事以雅典的Marathōn（馬拉松）城命名，該地是古代著名戰役的發源地。這個地名的字面意思是「茴香田，茴香」（希臘語marathon），可能因為當地盛產這種草本植物而得名。關於這個詞的詞源尚不明朗；Beekes曾寫道，「作為植物名稱，外來詞起源是值得懷疑的。」
這項賽事作為田徑項目首次亮相於1896年復辦的奧林匹克運動會。它的靈感來自於希臘英雄費迪比德斯（Pheidippides）的故事，他在公元前490年從馬拉松平原跑到雅典，向人們報告希臘聯軍在那裡戰勝波斯軍隊的消息。
最早的版本（希羅多德）講述的是他從雅典跑到斯巴達尋求援軍，但援軍抵達時已為時已晚，雖然他們批准了戰術。1896年奧運會選擇了一個較晚的故事，雖然不太可能，但更具戲劇性：費迪比德斯從戰場跑回雅典，帶來了勝利的好消息。
1896年的賽道起點設在馬拉松城，終點則是雅典的泛希拿克體育場；直到1924年，這項賽事的具體距離才得以確定。
隨著長跑賽事的普及，這個詞的意義也被延伸，泛指「任何非常長的事件或活動」。相關詞彙包括Marathoner（馬拉松選手，約1912年出現）；Marathonian（馬拉松人）。
