“조직화된 핵이 lacking하며, 때때로 질병을 일으키는 단세포 미생물,” 1847년, 현대 라틴어 bacterium의 복수형, 그리스어 bakterion “작은 지팡이,” baktron “막대기, 지팡이, 곤봉”의 축소형에서 유래. 처음 관찰된 것들이 막대 모양이었기 때문에 이렇게 명명되었다. 독일의 자연학자 Christian Gottfried Ehrenberg에 의해 1838년 과학적 용어로 도입되었다. 때때로 단수형으로 잘못 사용되는 고전적 복수형.
그리스어 단어는 PIE *bak- “지지대 역할을 하는 지팡이, 못” (라틴어 baculum “막대기, 지팡이;” 아일랜드어 bacc, 웨일스어 bach “갈고리, 구부러진 지팡이;” 중세 네덜란드어 pegel “못, 핀, Bolt”와 비교)에서 유래. De Vaan은 “*b가 PIE에서 매우 드물었고, 켈트어가 설명되지 않는 geminate를 보이므로, 우리는 아마도 식별되지 않은 출처에서의 차용어를 다루고 있을 것”이라고 썼다.