1510年代には「器官として機能する、手段や道具として働く」という意味で使われるようになり、これはラテン語の organicus、さらに遡るとギリシャ語の organikos（「器官に関する、道具やエンジンとして機能する」）に由来します。これらは organon（「道具、器具」）から派生しており、英語の organ（「器官」）と関連しています。
1706年には生理学の分野で「動植物に関する、器官を持つものに特有の、動物や植物の生命に関する」という意味で使われるようになり、18世紀後半から19世紀の化学ではさらに具体的な定義が見られます。「器官を持つ」という意味（inorganic「無機的なもの」と対比される）は1778年に確認されました。
「部分が系統的に配置または調和して全体を形成する」という広い意味は1650年代の organical に見られ、「組織化された全体やシステムに固有の、またはそれに属する」という意味は1796年に登場しました。
「農薬や肥料を使っていない」という意味は1942年に証明されています。
以前は organical（「体やその器官に関する」）という表現が15世紀中頃に使われており、中世英語では organik が「体の部分に関する、異なる物質から構成され、それぞれ異なる特性を持つもの」（約1400年頃）を指していました。Organic chemistry（有機化学）は1831年に確認されています。
It need hardly be added that the term "organic," as applied to any substance, in no way relates to the presence or absence of life. The materials which compose the living body are of course "organic" in the main, but they are equally so after death has occurred — at any rate for a certain time — and some of them continue to be so for an indefinite period after life has departed. Sugar, for example is an organic product ; but in itself it is of course dead, and it retains its stability after the organism which produced it has lost all vitality. [H.A. Nicholson, "A Manual of Zoology," 1887]
付け加えるまでもなく、「有機」という言葉が何らかの物質に適用される際、それが「生命の有無」とは全く関係がないことは明らかです。生きている体を構成する材料はもちろん「有機的」ですが、死後も一定期間は同様に「有機的」であり、生命が失われた後も無期限に「有機的」であり続けるものもあります。例えば、砂糖は有機的な産物ですが、それ自体はもちろん死んでおり、それを生み出した生物が全ての生命力を失った後も、その安定性を保ちます。[H.A. Nicholson, "A Manual of Zoology," 1887]
