Dans les années 1590, le terme désignait « un envoi à l'étranger » (en tant qu'agent), à l'origine utilisé pour les Jésuites. Il provient du latin missionem (au nominatif missio), qui signifie « acte d'envoi, une expédition ; une libération, un affranchissement ; une cessation de service, un licenciement ». C'est un nom d'action dérivé de la racine du participe passé de mittere, qui signifie « relâcher, laisser aller ; envoyer, jeter ». De Vaan retrace son origine à une racine indo-européenne, *m(e)ith-, qui évoquait l'idée d'« échange, retrait ». Cette même racine a donné naissance au sanskrit methete, mimetha (« devenir hostile, se quereller ») et au gothique in-maidjan (« changer »). Il explique que, de l'idée initiale d'« échange », le sens a évolué vers « donner, accorder »... puis vers « laisser aller, envoyer ».
Dans les années 1640, le terme a pris le sens d'« un effort organisé pour propager une religion ou éclairer une communauté ». En 1769, il a été utilisé pour désigner un « poste ou une station missionnaire ». Le sens diplomatique, qui désigne un « groupe de personnes envoyées dans un pays étranger pour des affaires commerciales ou politiques », est apparu dans les années 1620. En anglais américain, il désigne parfois « une légation ou une ambassade étrangère, le bureau d'un envoyé étranger » (1805).
Le sens général de « ce pour quoi on est envoyé ou mandaté » s'est développé dans les années 1670. L'idée de « destin » (comme dans man on a mission, one's mission in life) est attestée dès 1805. Le sens militaire, qui désigne « l'envoi d'un aéronef en opération » (en anglais américain, 1929), a ensuite été étendu aux vols spatiaux (1962). C'est ainsi qu'est né le terme mission control, désignant l'équipe au sol chargée de diriger un vaisseau spatial et son équipage (1964). Enfin, en matière de mobilier, le style « mission » fait référence à un style imitatif des meubles des premières missions espagnoles en Amérique du Nord, et il est attesté depuis 1900.
