Au milieu du 14e siècle, le mot désignait une personne « ne commettant aucun mal ; libre de péché, de culpabilité ou de faute morale ». Il provient du vieux français inocent, signifiant « inoffensif ; non coupable ; pur » (12e siècle), lui-même issu du latin innocentem (au nominatif innocens), qui se traduisait par « non coupable, irréprochable ; inoffensif ; désintéressé ». Ce terme latin est formé de in- (« non », voir in- (1)) et de nocentem (nominatif nocens), le participe présent de nocere, qui signifie « nuire ». Ce dernier vient de *nok-s-, une forme suffixée de la racine indo-européenne *nek- (1), qui évoque la notion de « mort ».
À la fin du 14e siècle, le mot a pris le sens de « libre de culpabilité pour un crime ou une accusation spécifique ». Il a également été utilisé pour décrire une personne « d’une simplicité ou d’une naïveté enfantine ». L’usage humoristique, signifiant « libre, dépourvu de » a émergé en 1706. En tant que nom, il désignait vers l’an 1200 une « personne innocente de péché ou de mal, une personne naïve ou simple », en particulier un jeune enfant (qui, on suppose, n’a pas encore péché activement). Les Saints Innocents (début du 14e siècle) faisaient référence aux jeunes enfants tués par Hérode après la naissance de Jésus (Matthieu 2.16), d’où le terme Jour des Innocents (28 décembre).
Dans les langues indo-européennes, les mots pour « innocent » sont généralement des composés négatifs formés à partir du mot pour « coupable ». Une exception notable se trouve dans le groupe germanique, représenté par le gothique swikns (signifiant aussi « pur, chaste »), le vieux norrois sykn (« libre de culpabilité, innocent », surtout dans un contexte juridique) et le vieil anglais swicn, qui désignait une « déclaration de non-culpabilité » ou une « purification ». Toutefois, l’origine précise de ces termes reste incertaine.
