Im mittleren 14. Jahrhundert bezeichnete das Wort „Sekte“ eine „charakteristische Gruppe von Überzeugungen oder Praktiken, die von mehreren Personen geteilt werden; eine Partei oder Schule innerhalb einer Religion.“ Es stammt aus dem Altfranzösischen secte oder sete, was „Sekte, religiöse Gemeinschaft“ bedeutet (14. Jahrhundert), und geht direkt auf das Spätlateinische secta zurück, das „religiöse Gruppe, Sekte in der Philosophie oder Religion“ bezeichnete, insbesondere eine ketzerische. Diese Bedeutung ist eine spezielle Entwicklung des lateinischen secta, das „Art, Weise; Anhängerschaft; Denkschule; Kurs, System“ bedeutet – wörtlich also „ein Weg, ein Pfad, ein beschrittener Weg.“ Es leitet sich vom Femininum sectus ab, einer Variante des Partizips Perfekt von sequi („folgen“), das seinerseits auf die indogermanische Wurzel *sekw- (1) zurückgeht, die „folgen“ bedeutet. Die allgemeine Bedeutung „diejenigen, die einer bestimmten Denk- oder Lebensweise folgen“ entwickelte sich im späten 14. Jahrhundert.
Die Vorstellung, die sich im Spätlateinischen herausbildete, war „diejenigen, die (jemandes) Weg folgen.“ Allerdings scheint die Geschichte des Begriffs mit der des lateinischen secta verwoben zu sein, das das Femininum des Partizips Perfekt von secare („schneiden“) ist, abgeleitet von der indogermanischen Wurzel *sek- („schneiden“). Die Bedeutung „getrennt organisierte religiöse Gemeinschaft, Konfession“ wird ab den 1570er Jahren im protestantischen Kontext belegt und scheint eher den Gedanken einer Gruppe zu vermitteln, die „vom Hauptkörper abgeschnitten“ ist.
Im Mittelenglischen wurde der Begriff auch allgemein für eine Klasse von Menschen oder Dingen, eine Art oder Rasse sowie für ein charakteristisches Kostüm verwendet. Manchmal bezog er sich auch auf das Geschlecht, möglicherweise teilweise durch Verwechslung mit diesem Wort.
