14世紀後半、farmacieという言葉が「体内の余分な体液（血液を除く）を取り除く薬」や「薬による治療法」「薬を使った治療の理論」を指すようになりました。これは古フランス語のfarmacie（13世紀で「下剤」を意味する）や、中世ラテン語のpharmacia、さらにはギリシャ語のpharmakeia（「癒しの薬や有毒な薬草」「薬物」「毒薬」「魔法の薬」「染料」「物理的または化学的処理の原料」）に由来しています。
この言葉はpharmakeus（女性形はpharmakis、「薬を調合する人、毒を盛る人、魔法使い」）から派生しており、これはpharmakon（「薬物、毒物、魅了する薬、呪文、魔法」）に基づいています。Beekesは、この言葉の元々の意味ははっきりとは分からないと指摘し、「この言葉は明らかに前ギリシャ語起源だ」と述べています。また、フランス語でのph-の復活は16世紀、英語では17世紀に見られます（詳しくはphを参照）。
Buckの『Selected Indo-European Synonyms』によれば、「毒を意味する言葉は、遺伝的なグループを除いて、時には薬を指す言葉と同じである」と指摘されています。彼はギリシャ語の他にもラテン語のvenenum（「毒」）や、初期には「薬、医療用ポーション」を意味した言葉（これがスペイン語のveneno、フランス語のvenin、英語のvenomの語源）や、古英語のlybbを挙げています。
「薬の使用や投与」を意味するようになったのは1400年頃で、「薬を調合・保存・調合し、処方に従って投与する技術や実践」を指すようになったのは1650年代、「薬が調合され、処方される場所」という意味で使われるようになったのは1833年のことです。
