À la fin du XVe siècle (plus tôt ethnical, début du XVe siècle), le terme désignait « païen, idolâtre ». Il provient du latin tardif ethnicus, lui-même issu du grec ethnikos, qui signifie « relatif à une nation, national ». Certains auteurs, comme Polybe, l'utilisaient pour décrire quelque chose « adapté à l'esprit ou aux coutumes d'un peuple, propre à un groupe », et chez les grammairiens, il désignait ce qui était « conforme aux mœurs ou à la langue des étrangers ». Ce mot dérive de ethnos, qui signifie « groupe de personnes vivant ensemble, nation, peuple, tribu, caste ». Il était également utilisé pour désigner des essaims ou des troupeaux d'animaux, et se traduisait littéralement par « gens de la même espèce ». Son origine remonte à la racine indo-européenne *swedh-no-, une forme suffixée de *s(w)e-, qui désignait la troisième personne du singulier et le pronom réfléchi, et qui a donné naissance à des mots relatifs aux groupes sociaux (voir idiom). En anglais, il était d'abord utilisé comme nom pour désigner « un païen, un idolâtre, une personne qui n'est ni chrétienne ni juive » (vers 1400). Dans son usage moderne, il désigne depuis 1945 un « membre d'un groupe ethnique ».
Dans la Septante, le grec ta ethne traduit l'hébreu goyim, le pluriel de goy, qui signifie « nation », en particulier celle des non-Israélites. Ainsi, il désignait surtout une « nation gentille, un peuple étranger ne vénérant pas le vrai Dieu » (voir goy). Les écrivains ecclésiastiques utilisaient ethnikos pour décrire quelque chose « empreint de la nature païenne, étranger au culte du vrai Dieu », et comme nom, il désignait « le païen, le gentil ». Le sens classique de « propre à une race ou une nation » est attesté en anglais dès 1851, marquant un retour à l'origine du mot. Celui de « groupes culturels différents » apparaît en 1935, suivi en 1945 par celui de « groupe minoritaire racial, culturel ou national » en anglais américain. Le terme ethnic cleansing est attesté depuis 1991.
Although the term 'ethnic cleansing' has come into English usage only recently, its verbal correlates in Czech, French, German, and Polish go back much further. [Jerry Z. Muller, "Us and Them: The Enduring Power of Ethnic Nationalism," Foreign Affairs, March/April 2008]
Bien que le terme « nettoyage ethnique » n'ait été utilisé en anglais que récemment, ses équivalents verbaux en tchèque, français, allemand et polonais existent depuis bien plus longtemps. [Jerry Z. Muller, « Us and Them: The Enduring Power of Ethnic Nationalism », Foreign Affairs, mars/avril 2008]